En realidad la película está compuesta por dos partes. Un corto llamado "Las vacaciones de Pikachu" y la película "MewTwo Strikes Back" (MewTwo contraataca). No quiero arruinarles la vida contándoles las películas, pero lo que sí puedo comentarles es que la primera es como un capítulo que incluye a Togepy, a Mariru y otros pokémon nuevos. La segunda, con un argumento un poco más profundo, trata de cómo un pokémon psíquico diseñado geneticamente atra a nuestros amigos a... no les cuento más. También hay una aparición especial de ese misterioso y popular persoanje MEW.

Argumento
Un grupo de cinetíficos ha estado trabajando en un laboratorio secreto con el fin de crear el Pokémon más fuerte del mundo. Para lograr esto, tomaron una muestra de pelo fosilizado encontrado en el Amazones, cuyo dueño era el mítico Pokémon Mew. Utilizando la genética crearon a MewTwo (MewDos). Cuando este Pokémon despierta, destruye al laboratorio y a los científicos.

Ash, Brock y misty son invitados a una isla, donde se celebrará una fiesta, organizada por "La entrenadora Pokémon nº 1". Ellos aceptan la invitación y son seguidos por el Equipo Rocket y Meowth. 

Todos los entrenadores que querían ir a esta fiesta, se reunen en el puerto para tomar el ferry que los llevará a la isla. Pero un huracán hace que se cancele el servicio. Pero nuestros heroes usan sus pokémon para cruzar las peligrosas aguas.
Una vez que llegan a la isla, encuentran un castillo en donde son recibidos por una bella señorita, la entrenadora Nº1. Ella les presenta a MewTwo, el Pokémon mas fuerte del mundo, y les revela el plan para conquistar el mndo usando una raza de Pokémon creados genéticamente

Además estas son las primeras imagenes de una nueva película a estrenarse en el verano japonés.